中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院、合成生物學(xué)研究所翟冰研究員等可能發(fā)現(xiàn)了骨髓移植患者中真菌血流感染背后的機(jī)制。其研究發(fā)現(xiàn)，在導(dǎo)致突破性真菌血流感染的近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）臨床菌株中，很多菌株對(duì)抗真菌藥物米卡芬凈存在一種有別于經(jīng)典耐藥的表型——異質(zhì)性耐藥（heteroresistance），腸道定植有異質(zhì)性耐藥菌株的患者發(fā)生突破性血流感染的風(fēng)險(xiǎn)顯著高于僅有敏感菌株定植的患者。（Nat Med. 2024年8月2日在線(xiàn)版）

當(dāng)一小部分細(xì)菌保持對(duì)抗生素耐藥，而其余細(xì)菌保持敏感時(shí)，就會(huì)出現(xiàn)一種被稱(chēng)為異質(zhì)性耐藥的現(xiàn)象。骨髓移植患者還面臨著同樣致命的真菌血流感染——包括近平滑念珠菌的感染，這種真菌可以在消化道中生存，偶爾也會(huì)進(jìn)入血液。

既往研究顯示，盡管接受了抗真菌藥物米卡芬凈的預(yù)防性治療，但許多移植受者仍可能發(fā)生暴發(fā)性的真菌感染/血流感染。雖然這些感染者的死亡率很高，但導(dǎo)致感染的機(jī)制仍知之甚少。

翟冰等從紀(jì)念斯隆-凱特琳癌癥中心和法、德、中國(guó)的患者中獲取了219株近平滑念珠菌的臨床分離株，并對(duì)所有菌株都進(jìn)行了深度全基因組測(cè)序。

結(jié)果顯示，各國(guó)的臨床菌株中均發(fā)現(xiàn)了對(duì)米卡芬凈異質(zhì)性耐藥的菌株。在接受米卡芬凈預(yù)防性治療的少數(shù)患者中，異質(zhì)性耐藥（表型不穩(wěn)定的、低頻率出現(xiàn)的耐藥性細(xì)胞亞群，約1/10 000）是真菌血流感染的驅(qū)動(dòng)因素。指導(dǎo)侵襲性感染藥物選擇的標(biāo)準(zhǔn)抗生素敏感性試驗(yàn)，如肉湯微量稀釋實(shí)驗(yàn)或梯度擴(kuò)散實(shí)驗(yàn)，未能檢測(cè)到近平滑念珠菌的米卡芬凈異質(zhì)性耐藥。

機(jī)器學(xué)習(xí)模型在輔助檢測(cè)異質(zhì)性耐藥的真菌時(shí)，展示了一種原理證明性的診斷方法，具有為臨床決策提供信息的潛力。異質(zhì)性耐藥菌株和敏感菌株更有可能具有略微不同的進(jìn)化史。機(jī)器學(xué)習(xí)模型有助于僅根據(jù)現(xiàn)有工具快速檢測(cè)出的一小段基因組學(xué)特征（最多10個(gè)基因組學(xué)特征）來(lái)預(yù)測(cè)異質(zhì)性耐藥。

研究人員希望他們的創(chuàng)新有望開(kāi)發(fā)一種簡(jiǎn)單的檢測(cè)工具，能在臨床環(huán)境中識(shí)別出異質(zhì)性耐藥的真菌。鑒于目前還沒(méi)有此類(lèi)檢測(cè)方法，他們將致力于在移植前分析患者的糞便樣本，以描繪患者腸道微生物或真菌的輪廓。

（編譯 李佳）