美國(guó)肯塔基大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院Kuhs等報(bào)告，HPV16遺傳變異與人乳頭瘤病毒相關(guān)的口咽癌(HPV-OPC)患者的預(yù)后相關(guān)，可提高預(yù)后的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性。(Ann Oncol. 2022年3月16日在線版 DOI: 10.1016/j.annonc.2022.03.005)

為了探究HPV16基因組的遺傳變異并評(píng)估其與HPV-OPC患者生存的關(guān)聯(lián)，該項(xiàng)大型全基因組測(cè)序研究自美國(guó)2個(gè)大型醫(yī)療中心(1980~2017)入組460例OPC患者，并給予HPV16全基因組測(cè)序，以確定HPV16基因組中的SNP(Site-specific variable position)。

結(jié)果顯示，384個(gè)OPC(83.48%)通過(guò)了質(zhì)量控制過(guò)濾器，且HPV16基因組測(cè)序的深度和廣度足供分析。發(fā)現(xiàn)了284個(gè)次要等位基因頻率>1%的HPV16 SNP。校正錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率(FDR：?jiǎn)蝹€(gè)患病率為1.0%~5.5%，復(fù)合患病率為15.10%)后，8個(gè)HPV16 SNP與較差的生存顯著相關(guān)，包括E1基因1053位(總生存：HR=3.75，95%CI 1.77~7.95，P=0.0099)，L2基因4410位(HR=5.32，95%CI 1.91~14.81，P=0.0120)和4539位(HR=6.54，95%CI 2.03~21.08，P=0.0117)，5050位(HR=6.53，95%CI 2.34~18.24，P=0.0030)和5254位(HR=7.76，95%CI 2.41~24.98，P=0.0030)，L1 基因5962位(HR=4.40，95%CI 1.88~10.31，P=0.0110)和6025位(HR=5.71，95%CI 2.43~13.41，P=0.0008)，上游調(diào)控區(qū)7173位(HR=9.90，95%CI 3.05~32.12，P=0.0007)。

攜帶≥1個(gè)高危HPV16 SNP患者的中位生存時(shí)間為3.96年，而沒(méi)有高危SNP者的為18.67年(P<0.001)。與傳統(tǒng)因素(年齡、吸煙、分期、治療)相比，HPV16 SNP顯著提高了對(duì)總生存期的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性;C指數(shù)增高0.069(95%CI 0.019~0.119，P<0.001);預(yù)測(cè)5年生存率陽(yáng)性預(yù)測(cè)值曲線下面積增高0.068(95%CI 0.015~0.111，P=0.008)。 (編譯 段晶耀)