二代測序檢測突變負荷可準確檢出錯配修復(fù)蛋白缺失
美國紀念斯隆-凱特琳癌癥中心的Leonard B. Saltz等報告的一項研究表明,通過二代測序的方法檢測腫瘤突變負荷可以準確檢測出結(jié)直腸癌患者錯配修復(fù)基因缺失,可用于林奇綜合征的篩查。(J Clin Oncol. 2016年3月28日在線版)
幾乎所有或大部分結(jié)直腸癌患者都被建議進行林奇綜合征的篩查,而在轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌中,RAS/BRAF基因測序用于指導(dǎo)臨床治療是非常有必要的。研究者推測一個二代測序面板可以識別RAS/BRAF基因和其他可操縱的基因突變,同樣就可以根據(jù)突變負荷的增加而準確地識別帶有DNA錯配修復(fù)蛋白缺失(MMR-D)的腫瘤。
從2014年3月到2015年7月,研究者通過一種二代測序方法(MSK-IMPACT)找出了所有發(fā)生基因突變的結(jié)直腸癌病例。每一例都進行了除拷貝數(shù)以外的腫瘤突變負荷的檢測,并與通過常規(guī)免疫組化檢測到的MMR突變狀態(tài)進行了比較。
研究者共對224例結(jié)直腸癌患者的腫瘤組織進行了MMR突變狀態(tài)的常規(guī)檢測和MSK-IMPACT二代測序。13%的病例(28例)在免疫組化檢測中表現(xiàn)為MMR-D。使用含有341個基因的模板檢測顯示,突變數(shù)<20的193例患者100%為錯配修復(fù)基因正常(MMR-P)。突變數(shù)≥20的31例患者中,28例(90%)是MMR-D。剩余的3例因突變數(shù)均>150而與MMR-D截然不同,所以很容易被識別。這些攜帶P286R熱點POLE突變的腫瘤與超級突變表型一致。
在MMR-D和MMR非缺陷/POLE野生型腫瘤中,中位突變數(shù)分別是50(20~90)和6(0~17)(P<0.001)。突變負荷≥20和<150作為MMR-D檢測的臨界值時,敏感性和特異性均是1.0(95%CI 0.93~1.0)。
對腫瘤組織多基因二代測序分析可以建立的突變負荷臨界值,是一種篩查MMR-D精確度很高的方法,同樣也可用于基因分型。
(編譯 張樂 審校 巴一)
