美國(guó)紀(jì)念斯隆凱特琳癌癥中心研究者報(bào)告的研究顯示，腫瘤患者血液cfDNA中攜帶的大部分基因突變，可能不是來(lái)自于癌細(xì)胞，而是血液中的白細(xì)胞。這給液體活檢相關(guān)的研究帶來(lái)了挑戰(zhàn)，提示在給患者開展液體活檢時(shí)，白細(xì)胞DNA應(yīng)該是必檢項(xiàng)目，甚至需要開展超高深度的測(cè)序。(Nat Med. 2019 月11月25在線版. doi: 10.1038/s41591-019-0652-7)

研究循環(huán)腫瘤DNA時(shí)一個(gè)很重要的混雜因素就是克隆性造血，有基因突變的造血干細(xì)胞，通過(guò)多系造血分化，形成攜帶同樣突變的終末分化成熟血細(xì)胞。雖然其中一些突變會(huì)導(dǎo)致后代血細(xì)胞具備適應(yīng)性優(yōu)勢(shì)，出現(xiàn)不成比例的擴(kuò)增，但這種克隆性擴(kuò)增并不是惡性的?？寺⌒栽煅獣?huì)隨著年齡的增長(zhǎng)而增加，導(dǎo)致克隆性造血的基因突變，也可通過(guò)cfDNA檢測(cè)到?？寺⌒栽煅獣?huì)影響對(duì)cfDNA測(cè)序結(jié)果的解釋，尤其是很大一部分cfDNA片段源自造血細(xì)胞。

盡管大量研究表明，通過(guò)cfDNA檢測(cè)到的基因突變，與通過(guò)腫瘤組織檢測(cè)到的基因突變有很好的一致性。不過(guò)，還是有研究者在cfDNA中發(fā)現(xiàn)了很多腫瘤組織中不存在的基因突變。當(dāng)然，這部分突變有可能是組織活檢取樣的不全面帶來(lái)的，也可能是克隆性造血導(dǎo)致的。

研究者獲取了124例癌癥患者的cfDNA、腫瘤組織樣本和白細(xì)胞DNA，以及47名無(wú)癌志愿者的cfDNA和白細(xì)胞DNA，基于已獲FDA批準(zhǔn)的MSK-IMPACT平臺(tái)給每個(gè)樣本獨(dú)立開展了深度高達(dá)60000×的測(cè)序。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，在腫瘤患者的cfDNA中，克隆性造血帶來(lái)的變異可能占53.2%;而在健康的志愿者cfDNA中，這一數(shù)字達(dá)81.6%。提示克隆造血帶來(lái)的突變比學(xué)界原來(lái)認(rèn)為的要常見(jiàn)得多。

基于腫瘤組織的活檢發(fā)現(xiàn)了740個(gè)突變，基于cfDNA的檢測(cè)包含其中的530個(gè)(71.6%)。在cfDNA發(fā)現(xiàn)的基因突變中，有一些突變雖然在腫瘤組織檢測(cè)中出現(xiàn)，但頻率極低，還有一些在腫瘤組織和白細(xì)胞中均未出現(xiàn)過(guò)。提示cfDNA檢測(cè)和基于組織的活檢還是存在一定差異的。

研究者認(rèn)為，cfDNA測(cè)序可準(zhǔn)確檢測(cè)整個(gè)腫瘤基因組中很大一部分突變，或許可反映患者腫瘤的TMB、腫瘤突變特征和MSI。cfDNA可以檢測(cè)到腫瘤組織活檢發(fā)現(xiàn)不了的亞克隆突變。通過(guò)cfDNA進(jìn)行超高深度測(cè)序發(fā)現(xiàn)的基因突變，不太可能是技術(shù)本身帶來(lái)的假陽(yáng)性。之前研究中開展的白細(xì)胞DNA低深度測(cè)序，可能低估了克隆性造血的普遍程度。

該研究證實(shí)了cfDNA檢測(cè)相較于組織活檢的優(yōu)點(diǎn)，也提示在檢測(cè)cfDNA的同時(shí)，一定要檢測(cè)白細(xì)胞DNA，最好是超高深度測(cè)序。

(編譯 韓婧)