東亞肺腺癌患者中或存在更適合免疫治療亞群
《自然·遺傳學(xué)》雜志上刊載的一項(xiàng)最新研究成果顯示,在整體的基因?qū)用嫔希A裔肺腺癌患者基因組比歐洲患者更穩(wěn)定,基因變化更少,且部分患者可能更易從免疫治療中獲益。(Nat Genet. 2020年2月3日在線(xiàn)版 doi: 10.1038/s41588-019-0569-6)
新加坡科技研究局和中科院北京基因組研究所的研究團(tuán)隊(duì)分析了213例新加坡華人患者和92例中國(guó)肺腺癌患者,靠全外顯子組測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序結(jié)果,勾勒了整體的基因圖譜。
不同國(guó)家和區(qū)域的癌癥患者,臨床表現(xiàn)和基因特征往往差異很大。EGFR靶向藥亞裔患者中表現(xiàn)突出,就是因?yàn)閬喼藁颊逧GFR突變的攜帶比例比歐美高得多。
該研究發(fā)現(xiàn),從TMB數(shù)據(jù)看,華裔患者TMB水平,每百萬(wàn)堿基中只有2.04個(gè)突變,遠(yuǎn)低于歐洲患者的5.08個(gè),很大程度上與華裔吸煙患者的TMB水平,只有歐洲吸煙患者的一半(3.29 vs. 7.01)有關(guān)。
基因改變更少包括幾個(gè)層面的因素,首先就是癌癥的驅(qū)動(dòng)基因,不吸煙的華裔患者平均每人只有2.08個(gè),吸煙者也只有3.64個(gè),均比對(duì)應(yīng)的歐洲患者群體水平低30%~40%。
在驅(qū)動(dòng)基因的種類(lèi)上,亞洲患者標(biāo)志性的EGFR突變有47%的患者攜帶,和EGFR一般不共存的還有KRAS,此外是TP53等基因,這些驅(qū)動(dòng)基因出現(xiàn)的模式和基因拷貝數(shù)的變化,也比歐洲患者少。
基因組更穩(wěn)定、改變更少,意味著基于大樣本患者數(shù)據(jù),得到的分析結(jié)果可靠程度更高,研究團(tuán)隊(duì)結(jié)合患者預(yù)后數(shù)據(jù)分析,證實(shí)了基因預(yù)測(cè)確實(shí)對(duì)華裔患者更準(zhǔn)。不過(guò)要指導(dǎo)精準(zhǔn)治療,還得進(jìn)一步對(duì)肺腺癌細(xì)化分型。
此前有學(xué)者把肺腺癌分成了終末呼吸單位(TRU)型、近端增殖亞型(PP,Proximal-Proliferative,肺腺癌中惡性程度最高、以細(xì)胞快速增殖為主要特征)型和近端炎癥亞型(PI)三種,這樣的分型就和基因特點(diǎn)有所關(guān)聯(lián),比如TRU型患者,攜帶EGFR突變較多見(jiàn)。
分析轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)時(shí),研究者發(fā)現(xiàn)華裔患者能對(duì)得上TRU和PI兩種,而PP型患者的數(shù)據(jù),與歐洲同類(lèi)型患者差異較大,基因組更不穩(wěn)定,整體的免疫環(huán)境抑制性也更強(qiáng)。
除了這三種分型,華裔患者中還有一群患者比較獨(dú)特,不好劃分,于是研究團(tuán)隊(duì)給這些患者定了一個(gè)新的類(lèi)別——終末呼吸單位-炎癥(TRU-I)型,這些患者在全部患者中的比例,約為三分之一。
TRU-I型患者,就是可能更容易從免疫治療中獲益的那部分患者。這類(lèi)患者的腫瘤中,T細(xì)胞、NK細(xì)胞等免疫細(xì)胞的浸潤(rùn)比例是最高的,同時(shí)PD-L1表達(dá)水平、18基因免疫療效預(yù)測(cè)評(píng)分(GEP)也都相對(duì)最高。
該研究報(bào)告的是預(yù)測(cè)性分析,因研究者所分析的患者,并未接受免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療,TRU-I型患者和TRU型患者的真實(shí)預(yù)后差異并不明顯。將來(lái)能否用這一分型挑選患者,需后續(xù)的試驗(yàn)進(jìn)行驗(yàn)證。 (編譯 張佳音)
