中國科學院深圳先進技術研究院、合成生物學研究所翟冰研究員等可能發(fā)現(xiàn)了骨髓移植患者中真菌血流感染背后的機制。其研究發(fā)現(xiàn)，在導致突破性真菌血流感染的近平滑念珠菌（Candida parapsilosis）臨床菌株中，很多菌株對抗真菌藥物米卡芬凈存在一種有別于經典耐藥的表型——異質性耐藥（heteroresistance），腸道定植有異質性耐藥菌株的患者發(fā)生突破性血流感染的風險顯著高于僅有敏感菌株定植的患者。（Nat Med. 2024年8月2日在線版）

當一小部分細菌保持對抗生素耐藥，而其余細菌保持敏感時，就會出現(xiàn)一種被稱為異質性耐藥的現(xiàn)象。骨髓移植患者還面臨著同樣致命的真菌血流感染——包括近平滑念珠菌的感染，這種真菌可以在消化道中生存，偶爾也會進入血液。

既往研究顯示，盡管接受了抗真菌藥物米卡芬凈的預防性治療，但許多移植受者仍可能發(fā)生暴發(fā)性的真菌感染/血流感染。雖然這些感染者的死亡率很高，但導致感染的機制仍知之甚少。

翟冰等從紀念斯隆-凱特琳癌癥中心和法、德、中國的患者中獲取了219株近平滑念珠菌的臨床分離株，并對所有菌株都進行了深度全基因組測序。

結果顯示，各國的臨床菌株中均發(fā)現(xiàn)了對米卡芬凈異質性耐藥的菌株。在接受米卡芬凈預防性治療的少數(shù)患者中，異質性耐藥（表型不穩(wěn)定的、低頻率出現(xiàn)的耐藥性細胞亞群，約1/10 000）是真菌血流感染的驅動因素。指導侵襲性感染藥物選擇的標準抗生素敏感性試驗，如肉湯微量稀釋實驗或梯度擴散實驗，未能檢測到近平滑念珠菌的米卡芬凈異質性耐藥。

機器學習模型在輔助檢測異質性耐藥的真菌時，展示了一種原理證明性的診斷方法，具有為臨床決策提供信息的潛力。異質性耐藥菌株和敏感菌株更有可能具有略微不同的進化史。機器學習模型有助于僅根據(jù)現(xiàn)有工具快速檢測出的一小段基因組學特征（最多10個基因組學特征）來預測異質性耐藥。

研究人員希望他們的創(chuàng)新有望開發(fā)一種簡單的檢測工具，能在臨床環(huán)境中識別出異質性耐藥的真菌。鑒于目前還沒有此類檢測方法，他們將致力于在移植前分析患者的糞便樣本，以描繪患者腸道微生物或真菌的輪廓。

（編譯 李佳）