深度學(xué)習(xí)算法可揭示腫瘤轉(zhuǎn)移和藥物作用情況
《細(xì)胞》雜志封面刊載一項重磅研究,研究來自德國紐倫堡組織工程和再生醫(yī)學(xué)研究所Ertürk研究團(tuán)隊。研究者開發(fā)了一種名為DeepMACT的深度學(xué)習(xí)工具,可用于系統(tǒng)分析在體腫瘤轉(zhuǎn)移情況。DeepMACT全身3D掃描可發(fā)現(xiàn)微轉(zhuǎn)移和單個腫瘤細(xì)胞,可揭示抗體藥物在全身的療效情況,DeepMACT研究提示腫瘤微環(huán)境影響藥物療效。(Cell. 2019;179: 1661-1676 doi: 10.1016/j.cell.2019.11.013)
能較可靠地檢測播散的腫瘤細(xì)胞和腫瘤靶向治療抗體藥物的生物分布,對更深入了解和治療腫瘤轉(zhuǎn)移非常有必要。該團(tuán)隊先前開發(fā)了一種名為vDISCO的黑科技,可將小鼠的身體變透明,可看到這些動物身體深處的細(xì)胞。
DeepMACT是研究者開發(fā)的可自動量化腫瘤轉(zhuǎn)移和抗體藥物靶向作用情況的深度學(xué)習(xí)系統(tǒng)??蓪⒛[瘤細(xì)胞熒光信號放大100倍以上,用vDISCO方法讓透明小鼠體內(nèi)的轉(zhuǎn)移成像,深度學(xué)習(xí)算法對轉(zhuǎn)移進(jìn)行自動量化。
研究者在5種不同的轉(zhuǎn)移瘤(包括乳腺癌、肺癌和胰腺癌)模型中進(jìn)行了驗證,發(fā)現(xiàn)不同的腫瘤有不同的轉(zhuǎn)移模式,如乳腺癌2周內(nèi)轉(zhuǎn)移位點會不斷變多,逐漸增加腫瘤負(fù)荷。
傳統(tǒng)的生物熒光成像方法是看不到這些特征的,研究者指出,DeepMACT是首個能以整個身體的規(guī)模定量分析腫瘤轉(zhuǎn)移的方法。這種深度學(xué)習(xí)算法,只需不到一小時就可完成所有的分析工作,且準(zhǔn)確率與人類專家相當(dāng)。人類完成同樣的工作量,可能需花上幾個月的時間。
研究者指出,這種方法能讓我們看到抗腫瘤療法的更多細(xì)節(jié)。目前,許多醫(yī)藥公司會開發(fā)抗體類藥物,與腫瘤細(xì)胞結(jié)合,抑制其生長。但這些抗體的覆蓋率如何,有多少腫瘤轉(zhuǎn)移位點會漏過去?研究者實驗發(fā)現(xiàn),使用的抗腫瘤藥物可漏過多達(dá)23%的轉(zhuǎn)移位點,這部分解釋了為何許多腫瘤治療后會出現(xiàn)復(fù)發(fā)。為了開發(fā)更有效的抗腫瘤療法,需要深入了解不同類型腫瘤如何發(fā)生轉(zhuǎn)移,并開發(fā)出抑制這些轉(zhuǎn)移進(jìn)程的特異性藥物。研究者指出,該研究方法可以讓我們看清腫瘤如何發(fā)生轉(zhuǎn)移,還可讓我們在臨床前就可評估抗腫瘤藥物覆蓋率是否夠廣,有望將來用于人類藥物的開發(fā)。
(編譯 胡靜)
