癌癥基因組圖譜分析 黑白人種乳腺癌分子特征及生存分析
美國芝加哥大學(xué)Dezheng Huo等報告的研究顯示,在癌癥基因組圖譜上,校正了固有基因型頻率差異后,黑人患者和白人患者間存在輕微數(shù)量的癌癥基因差異,但臨床生存間存在顯著差異。(JAMA Oncol. 2017年5月4日在線版)
非洲裔美國人的乳腺癌死亡率最高。盡管乳腺癌固有基因型分布間存在種族差異是眾所周知的,但是否有其他固有的基因組差異導(dǎo)致生存不同尚不清楚。該研究旨在調(diào)查在乳腺癌分子特征和生存中的種族差異,并估計乳腺癌亞型的遺傳性。
研究者從癌癥基因組圖譜(TCGA)中獲取了浸潤性乳腺癌患者隊列中的乳腺腫瘤樣本和匹配的正常組織樣本(截至2015年9月18日)。主要研究終點為無乳腺癌間期、腫瘤分子特征及遺傳變異。
該研究入組930例乳腺癌患者,其中154例為非洲裔黑人(診斷時平均年齡為55.66歲,98.1%為女性),776例為歐洲血統(tǒng)白人患者(診斷時平均年齡為59.51歲,99.0%為女性)。
與白人患者相比,黑人患者的無乳腺癌間期更短(HR=1.67,95%CI 1.02~2.74;P=0.043)。以Luminal A亞型為參照,黑人患者有較高的基底樣細(xì)胞癌(OR=3.80,95%CI 2.46~5.87;P<0.001)和人表皮生長因子受體2(erbB2)乳腺癌亞型概率(OR=2.22,95%CI 1.10~4.47;P=0.027)。黑人患者比白人患者有更多的TP53突變和更少的PIK3CA突變。
雖然校正固有基因型后多數(shù)分子差異被消除,但研究發(fā)現(xiàn)了16個DNA甲基化探針、4個DNA拷貝數(shù)異常、1個蛋白和142個差異性表達(dá)的基因,基于基因特征,可較好地區(qū)分黑人患者與白人患者的乳腺腫瘤(交叉驗證C指數(shù)為0.878)。使用種系基因型,乳腺癌亞型(基底與非基底)的遺傳率估計為0.436(P=1.5×10-14)。由89個已知易感基因變異構(gòu)建的雌激素受體陽性多基因風(fēng)險評分在黑人患者中高于白人患者(差異為0.24,P=2.3×10-5),而雌激素受體陰性多基因風(fēng)險評分在黑人患者中高得多(差異為0.48,P=2.8×10-11)。
超過40%的乳腺癌基因型頻率差異可由遺傳基因變異來解釋。這些研究數(shù)據(jù)可作為探討分子靶向治療的基礎(chǔ),以改善乳腺癌特定亞群(如黑人患者)的臨床轉(zhuǎn)歸。研究結(jié)果還表明,個性化風(fēng)險評估和最佳治療可以減少黑人婦女侵襲性乳腺癌的死亡情況。
(編譯 袁丹丹)
