美國威爾康奈爾醫(yī)學院Martinez-Fundichely等設計了一款名為CSVDriver的軟件，可繪制和分析腫瘤DNA數據中被稱為結構變異的大突變的位置。在分析32個癌種2382個基因組數據時，發(fā)現47個基因可能有癌癥驅動作用，不但首次將其中幾個基因與某類癌癥聯(lián)系起來，而且指出另外26個此前從未與癌癥聯(lián)系起來的基因可能是癌癥驅動因素。(Nat Commun. 2022年9月26日在線版 doi: 10.1038/s41467-022-32945-2)

在過去的幾十年里，癌癥生物學家已經記錄了數百種致癌突變，其中許多現在是藥物治療靶點。但癌細胞中的絕大多數突變不是驅動突變，而是所謂的“乘客突變”或“背景突變”，從中區(qū)分出驅動突變可能是一個挑戰(zhàn)。

為了揭示可能有癌癥驅動作用的基因，研究人員開發(fā)了CSVDriver軟件來分析癌癥基因組中結構變異(包括DNA的三維折疊)?？傮w想法是：先在特定癌癥類型的背景突變分布中建模，然后確定在大部分患者中突變發(fā)生頻率高于預期的候選驅動因素位置。

結果顯示，在大型結構變異數據中，可確定以下可疑的癌癥驅動因素：53個蛋白質編碼基因，3個編碼調控RNA的DNA片段，24個被稱為“增強子”的位點(因為它們吸引能增強其他基因活性的轉錄因子蛋白質)。

根據既往研究，前述發(fā)現中許多基因都已被認為是癌癥驅動因素;因此，該算法是有效的。

新的發(fā)現包括，CSVDriver將一些已知的癌癥相關基因重新定義為可能的癌癥驅動基因，這些基因既往未曾被發(fā)現過存在此功能，例如食管癌中的DMD基因和卵巢癌中的NF1基因。另有26個未曾被確定的基因可能是癌癥驅動基因。 (編譯 何思成)