研究員、博士生導(dǎo)師

北京大學(xué)生物信息中心博士研究生畢業(yè)(2006)，芬蘭赫爾辛基大學(xué)博士后(2006-2010)，澳大利亞悉尼Garvan醫(yī)學(xué)研究所研究組長(zhǎng)(2010-2015)和新南威爾士大學(xué)兼職高級(jí)講師(2012-2015)?，F(xiàn)北京大學(xué)腫瘤醫(yī)院/研究所腫瘤生物信息中心主任。在癌癥基因組和蛋白組相關(guān)的生物信息學(xué)領(lǐng)域開(kāi)展了系列研究，獲得澳大利亞NHMRC、Cancer Council NSW和Vodafone Foundation等多個(gè)機(jī)構(gòu)的科研資助。以第一作者/通訊作者在《Nature Reviews Cancer》、《Nature Methods》、《Nucleic Acids Research》等雜志發(fā)表論文。

電話：010-88196986(辦公室)

郵箱：wujm@bjmu.edu.cn

主要研究領(lǐng)域

主要研究方向：1)綜合生物信息計(jì)算和實(shí)驗(yàn)手段，整合基因組和蛋白組研究來(lái)深入了解胃癌等國(guó)內(nèi)高發(fā)癌種的異質(zhì)性和分子分型;2)在分子網(wǎng)絡(luò)層次理解腫瘤分子變異的信號(hào)通路和功能;3)多瘤種的分子和醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)的深度挖掘和整合分析。

代表性研究成果

1. 生物信息分析工具和平臺(tái)的開(kāi)發(fā)

開(kāi)發(fā)了一系列生物信息分析平臺(tái),可應(yīng)用于組學(xué)結(jié)果的分析,其中包括：1)用于KEGG信號(hào)通路富集分析的KOBAS在線服務(wù)器(Nucl Acids Res 2006);2)生物信息分析流程平臺(tái)WebLab (Nucl Acids Res 2009);3)集蛋白作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、過(guò)濾、分析和可視化工具一體的分析平臺(tái)PINA(Nat Methods 2009);4)PINA第二版本(Nucleic Acids Res 2012)加入了蛋白作用網(wǎng)絡(luò)模塊的識(shí)別、功能注釋和富集分析。

2. 癌癥組學(xué)研究

負(fù)責(zé)國(guó)際胰腺癌基因組項(xiàng)目(ICGC Pancreatic Cancer)中多組學(xué)數(shù)據(jù)的功能分析、臨床數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)和整合分析，在ICGC胰腺癌隊(duì)列的外顯子組(Nature 2012)、全基因組(Nature 2015)和轉(zhuǎn)錄組(Nature 2016)研究以及分子機(jī)制研究(Cell 2014;Gut 2014)中都有貢獻(xiàn)，為發(fā)現(xiàn)相關(guān)癌癥驅(qū)動(dòng)基因和信號(hào)通路的異常提供了重要線索，并發(fā)現(xiàn)了具有臨床應(yīng)用轉(zhuǎn)化價(jià)值的若干分子標(biāo)志物和新的分子分型。領(lǐng)導(dǎo)的食道腺癌的基因組研究(J Med Genet 2016)，發(fā)現(xiàn)人乳頭瘤病毒陽(yáng)性和陰性的病人具有不同的突變特征：病毒陽(yáng)性者體細(xì)胞突變/癌癥驅(qū)動(dòng)基因突變更少。

與Monash大學(xué)蛋白磷酸化專(zhuān)家Roger Daly教授合作開(kāi)展了一系列的腫瘤蛋白組和磷酸化組研究，發(fā)現(xiàn)磷酸化特征和相關(guān)的蛋白信號(hào)網(wǎng)絡(luò)不僅可以用來(lái)進(jìn)行腫瘤分子分型(Breast Cancer Res 2014)，還可以識(shí)別PDX細(xì)胞株亞群的靶向藥物敏感性(Mol Cell Proteomics 2016);通過(guò)對(duì)公開(kāi)基因組學(xué)數(shù)據(jù)的整合，對(duì)癌癥驅(qū)動(dòng)基因中的蛋白激酶進(jìn)行了首次多癌種的分析和歸類(lèi)，并結(jié)合蛋白組數(shù)據(jù)和功能基因組數(shù)據(jù)闡述了特定激酶對(duì)遺傳背景的依賴(lài)性,以及各種組學(xué)研究的互補(bǔ)性(Nat Rev Cancer 2016)。

代表性論文

1. Fleuren ED, Zhang L, Wu J*, Daly RJ* (2016) The kinome “at large” in cancer. Nat Rev Cancer 16: 83-98

2. Humphrey ES, Su SP, Nagrial AM, Hochgr?fe F, Pajic M, Lehrbach GM, Parton RG, Yap AS, Horvath LG, Chang DK, Biankin AV, Wu J*, Daly RJ* (2016) Resolution of novel pancreatic ductal adenocarcinoma subtypes by global phosphotyrosine profiling. Mol Cell Proteomics (in press)

3. Rajendra S*, Wang B*, Merrett N, Sharma P, Humphris J, Lee HC, Wu J* (2016) Genomic analysis of HPV-positive versus HPV-negative oesophageal adenocarcinoma identifies a differential mutational landscape. J Med Genet 53(4): 227-31

4. Ali NA#, Wu J#, Hochgr?fe F#, Chan H, Nair R, Ye S, Zhang L, Lyons RJ, Pinese M, Lee HC, Armstrong N, Ormandy CJ, Clark SJ, Swarbrick A, Daly RJ (2014) Profiling the tyrosine phosphoproteome of different mouse mammary tumour models reveals distinct, model-specific signalling networks and conserved oncogenic pathways. Breast Cancer Res 16(5): 437

5. Cowley MJ, Pinese M, Kassahn KS, Waddell N, Pearson JV, Grimmond SM, Biankin AV, Hautaniemi S and Wu J* (2012) PINA v2.0: mining interactome modules. Nucl Acids Res 40: D862-5

6. Wu J*, Vallenius T, Ovaska K, Westermarck J, Makela TP, Hautaniemi S. (2009) Integrated network analysis platform for protein-protein interactions. Nat Methods 6: 75-7

7. Liu X#, Wu J#, Wang J, Liu X, Zhao S, Li Z, Kong L, Gu X, Luo J and Gao G. (2009) WebLab: a data-centric, knowledge-sharing bioinformatic platform. Nucl Acids Res 37, W33-39

8. Wu J#, Mao X#, Cai T, Luo J and Wei L. (2006) KOBAS server: a web-based platform for automated annotation and pathway identification. Nucl Acids Res 34, W720-724

實(shí)驗(yàn)室成員

研究人員：崔思佳、杜陽(yáng)、張潞西  技師人員：邢麗影